فابرگاس در پایان فصل ۶-۲۰۰۵ با پیشنهادها زیادی از سوی تیم رئال مادرید اسپانیا رو به رو شد. آرسن ونگر، سرمربی آرسنال در یکی از مصاحبههای خود گفت: "فرانسسک فروشی نیست و به هیچ پیشنهادی از سوی هیچ تیمی گوش نخواهیم داد." و آرسنال با سِسک در سپتامبر ۲۰۰۶ با اینکه این بازیکن ۶ سال دیگر هم با آرسنال قرارداد داشت، قراردادی ۵ ساله امضاکرد. فابرگاس دلیل رد کردن پیشنهادات دیگر و امضای قراردادی جدید را آرسن ونگر و شیوه ٔ بازی آرسنال دانست. فرانسِسک در فصل ۷-۲۰۰۶ ، تجارب بسیاری کسب کرد. او که به جمع بازیکنان اصلی تیم آرسنال پیوسته بود، در همه ٔ بازیهای لیگ انگلستان حضور داست و در مجموع با ۱۳ پاس گل به عنوان دومینبهترین پاسور لیگ معرفی شد. او در این فصل جوایز و عنوانهای متعددی دزیافت کرد که از آن جمله میتوان به جایزه ٔ روزنامه ٔ ایتالیایی توتو اِسپرت ( Toto Sport )(که هر سال به بازیکن برتر سال داده میشود)، جایزه ٔ بازیکن برتر ماه ژانویه و عنوان بهترینبازیکن فصل آرسنال، اشاره کرد به علاوه، سِسک نامزد کسب عنوانهای بهترین بازیکن دنیا و بهترینبازیکن جوان دنیا بود اما هردوی این جوایز به کرسیتیانو رونالدو اهدا شد. فصل ۸-۲۰۰۷ ، با مسائل پیش بینی نشده برای باشگاه آرسنال و فرانسِسک آغاز شد. ابتدا دیوید دین، معاون رئیس باشگاه آرسنال و در ادامه تیری آنری،بهترین گلزن تاریخ آرسنال، این باشگاه را ترک کردند. حتی آرسن ونگر هم قصد ترک آرسنال را داشت. در نبود تیری آنری و با وجود شرایط یاد شده، فرانسِسک فابرگاس، مهمترین و کلیدیترین بازیکن تیم آرسنال بود و بر این اساس، تصمیم به رهبری کامل این تیم جوان گرفت. سِسک با زدن گلها و دادن پاس گلهای زیاد، و نیز انجام بازیهای درخشان، این موضوع را به اثبات رساند. او در ماههای آگوست، سپتامبرو اکتبر به عنوان بازیکن برتر آرسنال و به علاوه در ماه سپتامبر به عنوان بازیکن برتر ماه لیگ انگلستان انتخابشد. سِسک در لیگ قهرمانان اروپا نیز برای آرسنال درخشید و با گلی که در بازی یک چهارم نهایی به تیم آث میلان زد، کیفیت بازی خود را به همگان نشان داد. پیوستن به تیم ملی اسپانیاتیم جوانانفرانسِسک فابرگاس در سال ۲۰۰۳ ، در بازیهای جام جهانی زیر ۱۷ سال که در کشور فنلاند جریان داشت، برای تیم ملیجوانان اسپانیا به میدان رفت. تیم اسپانیا در دیدار نهایی مغلوب تیم محبوب برزیل شد ولی این موضوع از ارزشهای سِسک کم نکرد. او با این که به عنوانهافبک در میدان حضور داشت، بهترین گلزن این تورنمنت شناخته شد و جایزه ٔ بهترین بازیکن تورنمنت را هم از آن خود کرد. تیم زیر ۱۷ سال اسپانیا به همراه فرانسِسک، در جام ۲۰۰۴ اروپا نیز شرکت کرد ولی باز هم در بازی نهایی شکست خورد. سِسک به عنوان بازیکن طلایی این تورنمنت انتخاب شد